SAIS-i tsentraalset haldamist ja arendamist finantseeritakse koolide liitumistasudest, aastamaksudest ja muudest allikatest, millest kaetakse jooksvad ja arendusfondi kulud.
Aastamaks arvutatakse aasteelarve muudest vahenditest (varasemate perioodide jääk, liitumistasud, toetused, jne.) katmata osa jagamisel osalevate lepingupoolte vahel vastavalt osakaaludele.
Jooksvad kulud (kaetakse haldusmaksest) – sisaldavad SAIS-i majutuse, administreerimise, hoolduse, riist- ja tarkvara jooksvate täienduste ning muid regulaarse iseloomuga kulusid.
Arendusfondi kulud (kaetakse arendusmaksetest) - katab SAIS-i täiendus- ja arendustööd, mis väljuvad jooksva tegevuse raamidest. Arendusfondi panustatakse üldjuhul aastas üks kümnendik SAIS-i loomise maksumusest (st kulutused, mis tehti SAIS-i loomiseks kuni infosüsteemi avaliku käivitamiseni).
